La directive concernant la conservation des Habitats naturels, de la Faune et de la Flore sauvages, dite Directive " Habitats " a été adoptée le 21 mai 1992 par le Conseil des Communautés Européennes et est entrée en vigueur le 05 juin 1994.

Définition :
Elle a pour objectif de contribuer à assurer de manière cohérente entre les Etats la conservation de la diversité biologique en Europe, grâce à la protection des habitats naturels et des espèces les plus menacées de la Communauté, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales.

Régime juridique :
Le texte de référence est la directive 92/43/CEE du 21 mai 1992, accompagnée de nombreuses annexes (listes des espèces et milieux concernés). Comme toutes les directives, elle ne fixe que des objectifs et laisse aux Etats membres le libre choix des mesures (réglementaires, administratives ou contractuelles) nécessaires pour les atteindre.
Au niveau national, le ministère de l'Environnement a donc précisé par l'instruction n°38 du 21 janvier 1993 les modalités de mise en œuvre des actions concernant la conservation des habitats naturels.

Implications :
Les états membres de la CEE doivent assurer la surveillance de l'état de conservation des espèces et des habitats naturels auxquels la directive s'intéresse. Ils s'engagent auprès de l'ensemble de la Communauté Européenne à garantir le maintien ou le rétablissement d' un état de conservation favorable (= notion importante de restauration de milieu) des habitats d'espèces d'un niveau d'intérêt communautaire, ainsi qu'à protéger strictement un certain nombre d'espèces animales et végétales. Dans de nombreux cas, il s'agira de mettre en place ou de maintenir des méthodes de gestion ou des activités humaines compatibles avec (ou bénéfiques à) la conservation de l'environnement et la préservation de la diversité biologique, la CEE participant sous la forme d'un cofinancement. Ainsi, la Directive Habitats est peu contraignante car elle est plus basée sur une approche contractuelle (mesures agri-environnementales...) que sur des mesures législatives. On peut espérer que son application complètera les moyens existants pour concilier développement rural et préservation de la nature.

Disposition prévues :
La conservation des habitats naturels les plus menacés et des habitats d'espèces d'intérêt communautaire énumérés respectivement dans les annexes I et II (ex. du Triton crêté) de la directive se fera au moyen de la mise en place par les Etats d'un réseau cohérent de Zones Spéciales de Conservation (ZSC).
Ces ZSC, jointes aux Zones de Protection Spéciales (ZPS) déjà établies dans le cadre de la Directive Oiseaux de 1979, constitueront le Réseau Natura 2000 des sites préservés d'intérêt écologique européen.
Dans la majorité des cas, la préservation consistera en un suivi de l'occupation des terres ou de l'évolution des espèces témoins, afin de s'assurer du maintien des conditions favorables aux espèces ou habitats signalés. Ce suivi sera complété, le cas échéant, par de simples mesures contractuelles avec les gestionnaires.

Procédure :
La mise en œuvre concrète de cette directive ne se fera pas avant plusieurs années ; elle nécessite en outre en amont un constat scientifique sur la présence et la répartition des habitats et des espèces cités dans ses annexes.
En France, l'inventaire des sites relevant de la Directive Habitats, débuté en 1993, est coordonné par le Secrétariat de la Faune et de la Flore du Muséum National d'Histoire Naturelle ; il est conduit dans chaque région par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel, qui se base sur l'inventaire ZNIEFF (Zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique) et mène des prospections complémentaires (ex : sites à chauves-souris en Lorraine).
La liste nationale des sites proposés comme Zones Spéciales de Conservation (dont le nombre peut être évalué à 3000) a été présentée à la CEE en juin 1995. A suivi une phase d'analyse, pendant 3 ans au niveau de la CEE, de toutes les listes nationales, avec choix définitif des sites retenus.
Les Etats membres disposent de 6 ans depuis juin 1998 (= jusqu'en juin 2004), pour prendre des mesures effectives de protection sur les Zones Spéciales de Conservation.
Les Etats devront établir tous les 6 ans un rapport sur l'application de la Directive.

Situation en Lorraine et sur le territoire du Parc naturel régional de Lorraine :
La Lorraine est actuellement l'une des régions de France les plus avancées dans la préparation de l'application de la Directive Habitats (démarrage en 1999 des plans de gestion des différents sites). Le Parc naturel régional de Lorraine, représenté au sein du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel de Lorraine, suit les travaux de sélection des sites de son territoire relevant de la Directive. Une quinzaine de sites du Parc sont d'ores et déjà proposés, parmi lesquels: la forêt de la Reine, les étangs du Lindre et de Lachaussée, le lac de Madine et ses environs, les vallées de la Meuse et de la Seille, les pelouses sèches du Rupt de Mad et de la basse vallée de l'Esch, les milieux salés du Saulnois...